Em 1990, já estava à frente da galeria Pasárgada Arte Contemporânea, em Recife, fundada com a irmã Taciana Cecília Vilaça Bezerra. O espaço reunia, fora do eixo Rio-São Paulo, os bem-sucedidos nomes da geração 80 das artes plásticas brasileiras.

Em maio de 1992, com a sócia Karla Meneghel, inaugurou em São Paulo a galeria Camargo Vilaça, que acabou se tornando a mais importante referência para a arte brasileira nos anos 1990. Com ela, Marcantonio promoveu a projeção internacional da arte contemporânea brasileira, tornando-a um produto de exportação.

Marcantonio Vilaça morreu precocemente no dia 1º de janeiro de 2000, aos 37 anos de idade, em Recife. Como reconhecimento aos serviços prestados à cultura, o governo brasileiro lhe outorgou (post mortem) a mais alta condecoração do país: a Ordem do Rio Branco, entregue à família Vilaça.